Validación de la reacción de polimerasa en cadena en tiempo real como herramienta diagnóstica en la aspergilosis asociada a COVID-19 en pacientes hospitalizados en Clínica Dávila de Santiago, Chile, durante los años 2020 y 2021

Introducción: Desde el inicio de la pandemia por COVID-19 se han registrado casos de infecciones de aspergilosis pulmonar asociada a esta infección, la cual tiene características diferentes a la aspergilosis pulmonar clásica y, por lo tanto, han significado un desafío diagnóstico. Objetivo: Validar una reacción de polimerasa en cadena (RPC) en tiempo real (sigla en inglés RT-PCR) comercial, como herramienta diagnóstica alternativa a la técnica de galactomanano (GM) en el diagnóstico de aspergilosis pulmonar asociada a COVID-19 (sigla en inglés CAPA). Pacientes y Método: Se analizaron resultados de RT-PCR de Aspergillus spp y GM en lavado bronco-alveolar (LBA) de 72 pacientes, hospitalizados por COVID-19 de Clínica Dávila entre los años 2020 y 2021. De estos pacientes, 33 presentaron CAPA. Resultados: La RT-PCR de Aspergillus y GM presentaron una correlación positiva (r = 0,6351, valor p < 0,0001). La técnica de RT-PCR presentó una sensibilidad (S), especificidad (E), valor predictor positivo (VPP) y valor predictor negativo (VPN) de 100, 44, 66 y 100%, respectivamente, mientras que en GM fueron de 64, 89, 84 y 73%, respectivamente para LBA. Al utilizar ambas técnicas en combinación se obtuvo una S, E, VPP y VPN de 100, 82, 88 y 100%, respectivamente. Conclusión: Este estudio concluyó que usar una técnica de RT-PCR de Aspergillus y GM en conjunto en LBA mejoraron los parámetros de desempeño de ambas técnicas usadas de manera individual para diagnosticar CAPA. Se requieren más estudios para evaluar el desempeño de técnicas combinadas en otros tipos de aspergilosis.

Background: Since the beginning of the COVID-19 pandemic, there have been cases of pulmonary aspergillosis infections associated with this infection, which has different characteristics from classical pulmonary aspergillosis and therefore, have been diagnostic challenges. Aim: To validate a commercial real-time PCR (RT-PCR) method as an alternative diagnostic tool to the galactomannan (GM) technique in the diagnosis of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA). Methods: Results of RT-PCR of Aspergillus spp and GM in broncho-alveolar lavage (BAL) of 72 patients hospitalized for COVID-19 at Clínica Dávila between 2020 and 2021 were analyzed. Of these patients, 33 presented CAPA. Results: The RT-PCR for Aspergillus and GM showed a positive correlation (r = 0.6351, p-value < 0.0001). The RT-PCR for Aspergillus technique presented a sensitivity (S), specificity (S), positive predictive value (PPV) and negative predictive value (NPV) of 100, 44, 66 and 100% respectively, while the GM technique presented 64, 89, 84 and 73%, respectively for BAL. Using both techniques in combination a S, E, PPV and NPV of 100, 82, 88 and 100% were obtained respectively. Conclusion: This study concluded that using RT-PCR and GM techniques in combination in BAL improved the performance parameters of both techniques from those used individually to diagnose CAPA. Further studies are required to evaluate the performance of combined techniques in other aspergillosis focus.

Meningitis por Listeria: serie de casos en un hospital de tercer nivel y utilidad de las nuevas técnicas de diagnóstico microbiológico

Introducción: La meningitis por Listeria monocytogenes (MLM) es una entidad grave con complicaciones a corto plazo. La reacción de polimerasa en cadena (RPC) puede ayudar a mejorar su diagnóstico y pronóstico. Objetivos: Conocer las características de los pacientes diagnosticados de meningitis por L. monocytogenes en los últimos años, a través de diferentes métodos microbiológicos. Pacientes y Métodos: Serie de casos de pacientes adultos ingresados con MLM en el Hospital Clínico San Carlos, Madrid, España, durante doce años (2009-2021). Se describieron variables epidemiológicas, clínicas, microbiológicas, radiológicas y terapéuticas. Resultados: Se registraron doce pacientes con MLM (edad media 67,5 años, 75% varones). En ocho se obtuvo un cultivo positivo a L. monocytogenes. La RPC en líquido cefalorraquídeo (LCR) fue positiva en los dos casos en los que se realizó la prueba. El tratamiento dirigido en todos los casos fue ampicilina durante 21 días. Se registraron complicaciones en un cuarto de los casos. Del total de pacientes uno falleció. Conclusiones: La MLM es una enfermedad poco frecuente y de difícil diagnóstico. En nuestra serie de casos los dos pacientes diagnosticados por RPC tuvieron resultado de cultivo de LCR negativo, y presentaron buena evolución. La determinación de RPC podría permitir diagnosticar un mayor número de casos y con mayor precocidad.

Background: Listeria monocytogenes meningitis (LMM) is a serious entity with short-term complications. Polymerase chain reaction (PCR) can help to improve its diagnosis and prognosis. Aim: To know the characteristics of patients diagnosed with meningitis by L. monocytogenes in recent years, through different microbiological methods. Methods: Case series of adult patients admitted with LMM at the Hospital Clínico San Carlos of Madrid, Spain, during twelve years (2009-2021). Epidemiological, clinical, microbiological, radiological and therapeutic variables were described. Results: Twelve patients with LMM were recorded (mean age 67.5 years, 75% male). Eight had a positive culture for L. monocytogenes. cerebrospinal fluid (CSF) PCR was positive in the two cases in which the test was performed. Treatment in all cases was ampicillin for 21 days. Complications were recorded in a quarter of the cases. One patient died. Conclusions: LMM is a rare and difficult to diagnose disease. In our series of cases, the two patients diagnosed by PCR had negative CSF culture results, and presented good evolution. PCR determination could allow a greater number of cases to be diagnosed earlier.

Correlación entre el umbral de ciclo de la RPC en tiempo real y la clasificación clínica de la COVID-19 / Correlation between real-time PCR cycle threshold and clinical classification of COVID-19

INTRODUCCIÓN: El umbral de ciclo (en inglés cycle threshold-Ct) de la reacción de polimerasa en cadena en tiempo real con transcripción reversa (RT-qPCR) indica la concentración relativa de una secuencia de ARN; este valor se ha relacionado con la expresión de cuadros clínicos en infecciones virales. OBJETIVO: Determinar la correlación entre el valor Ct y la clasificación clínica de la COVID-19. MÉTODO: Se realizó un estudio transeccional correlacional; los valores Ct se obtuvieron mediante RT-qPCR dirigida al gen N del SARS-CoV-2 agrupándolos mediante un estimador robusto central y relacionándose con la clasificación clínica de la COVID-19. RESULTADOS: De los 718 casos incluidos en el estudio; 77,7% (558) fueron leves; 21,3% (153) moderados y 1% (7) graves. El valor Ct se agrupó en niveles: Ct bajo 18,83 - 30,10 y Ct alto > 30,10. Existió correlación significativa inversa débil (p = 0,002; rho de Spearman = -0,117) entre el valor Ct y la clasificación clínica. Las características: sexo, edad menor a 65 años, fiebre, escalofrío, diarrea, anosmia y sobrepeso-obesidad estuvieron asociadas al valor de Ct. CONCLUSIÓN: A menor valor Ct se espera una clasificación de mayor gravedad de la COVID-19; no obstante, debido a que la correlación es débil, su utilidad como predictor de gravedad es limitada.

BACKGROUND: The cycle threshold (Ct) of real-time reverse transcription PCR (RT-qPCR) indicates the relative concentration of an RNA sequence, this value has been related to clinical profile in viral infections. AIM: To determine the correlation between the Ct value and the clinical classification of COVID-19. METHOD: A correlational cross-sectional study was carried out, the Ct values were obtained by RT-qPCR directed to the N gene of SARS-CoV-2, grouping them by means of a central robust estimator and related to the clinical classification of COVID-19. RESULTS: Of the 718 cases included in the study; 77.7% (558) were mild; 21.3% (153) moderate and 1% (7) severe. The Ct value was grouped into levels: low Ct 18.83-30.10 and high Ct> 30.10. There was a weak inverse significant correlation (p = 0.002; Spearman's rho = -0.117) between the Ct value and the clinical classification. The characteristics: sex, age under 65 years, fever, chills, diarrhea, anosmia, and overweightobesity were associated with the Ct value. CONCLUSION: The lower the Ct value, a classification of greater severity of COVID-19 is expected, however, because the correlation is weak, its usefulness as a severity predictor is limited.

Infecciones respiratorias virales en episodios de fiebre en niños con trasplante de precursores hematopoyéticos / Respiratory viral infections during episodes of fever in children undergoing hematopoietic stem cell transplantation

Resumen Introducción: Los niños que reciben trasplante de precursores hematopoyéticos (TPH) pueden presentar infecciones respiratorias virales (IRV) durante episodios febriles. Los datos sobre su evolución clínica son escasos, así como la comparación de ellos con infecciones bacterianas (IB). Objetivo: Caracterizar la evolución clínica de pacientes con IRV, en comparación con IB en niños con TPH, cursando un episodio febril. Método: Estudio prospectivo en pacientes ≤ 18 años con cáncer y TPH ingresados por fiebre en el Hospital Luis Calvo Mackenna (2016-2019). Se realizó evaluación clínica y de laboratorio: hemocultivos, RPC para patógenos respiratorios (Filmarray®), cuantificación viral y medición de citoquinas en muestra nasal (Luminex®, 38 citoquinas). Se compararon los grupos IRV, IB y los de etiología no precisada (ENP) en relación con: infección respiratoria aguda (IRA), citoquinas nasales, ingreso a UCI, necesidad de ventilación mecánica, mortalidad y suspensión de antimicrobianos. Resultados: De 56 episodios febriles, 35 fueron IRV, 12 IB y 9 de ENP. Mediana de edad fue 8,5 años, 62% masculino. Un 94% de los casos IRV presentó IRA sintomática, versus 33% en los grupos IB y ENP (p < 0,001), con IRA baja en 69% de las IRV (p < 0,001). Rinovirus (54%) y coronavirus (15%) fueron las etiologías más frecuentemente detectadas. No hubo diferencias en citoquinas nasales entre los grupos IRV e IB. Ingreso a UCI: 11% del grupo IRV, 17% de IB y 11% de ENP (p = 0,88). Requirieron ventilación mecánica sólo 2 pacientes (p = 0,37) sin fallecimiento. Tras la detección viral respiratoria por RPC, se suspendió antimicrobianos en 26% de los casos con IRV (p = 0,04). Conclusión: Las IRV son frecuentes en niños con TPH y episodios febriles. La detección viral podría optimizar y racionalizar el uso de antimicrobianos en esta población.

Abstract Background: Children undergoing hematopoietic stem cell transplant (HSCT) can develop respiratory viral infections (RVI) during fever episodes. There are few data about clinical outcomes in RVI and compared to bacterial infections (BI) in this population. Aim: To determine clinical outcome of RVI, compared to BI in children with HSCT. Methods: Prospective study, patients ≤ 18 years with cancer and HSCT admitted with fever at a National Bone Marrow Transplant Center (Hospital Calvo Mackenna), Chile, (April-2016 to May-2019). Clinical assessment, laboratory tests, blood cultures, nasopharyngeal sample for multiplex-PCR (Filmarray®), viral loads by PCR and cytokine panel (Luminex®, 38 cytokines) were performed. The following outcomes were evaluated: upper/lower respiratory tract disease (RTD), admission to ICU, mechanical ventilation, mortality and antimicrobial withdrawal. Results: Of 56 febrile episodes, 35 (63%) were RVI, 12 (21%) BI and 9 (16%) with unknown etiology (UE). Median of age was 8.5 years, 62% male gender. Rhinovirus (54%) and coronavirus (15%) were the more frequent detected viruses. No significant differences in cytokine levels were observed between RVI and BI. 94% of RVI patients had symptomatic RTD, versus 33% in BI and 33% in UE group (p < 0.001), with lower-RTD in 69% of RVI group (p < 0,001). Admission to ICU was 11% in RVI, 17% in BI and 11% in UE group (p = 0.88); only 2 patients required mechanical ventilation (p = 0.37) and no mortality was reported. After an RVI was detected by PCR, antimicrobials were withdrawal in 26% of patients with RVI (p: 0.04). Conclusion: RVI are frequent etiologic agents in febrile episodes of patients with HSCT. Viral detection might help to rationalize the use of antimicrobials in this population.

Inmunofluorescencia indirecta versus reacción de polimerasa en cadena para el diagnóstico de virus respiratorios en niños ingresados en un hospital de la Región Metropolitana / Indirect immunofluorescence technique versus polymerase chain reaction for the diagnosis of respiratory viruses in children admitted to a hospital in the Metropolitan Region

Resumen Introducción: La temprana detección viral en infecciones respiratorias agudas (IRA) es esencial para establecer una terapia apropiada y prevenir el contagio intrahospitalario. Objetivo: Comparar la eficacia de la técnica de inmunofluorescencia indirecta (IFI) con la reacción de polimerasa en cadena (RPC) para identificar virus respiratorios en niños hospitalizados por IRA. Métodos: Se incluyeron 47 aspirados nasofaríngeos de niños ≤ 2 años con IRA. La IFI incluyó virus respiratorio sincicial (VRS), adenovirus, influenza A y B y parainfluenza. La RPC incluyó, además, la detección de metapneumovirus, enterovirus/rinovirus, bocavirus y coronavirus. Se estimó sensibilidad, especificidad, valor predictor positivo y negativo (VPP/VPN) y correlación kappa para VRS mediante IFI en comparación a la RPC. Resultados: La IFI detectó únicamente VRS (29; 61,7%). La RPC detectó diversos virus, entre ellos VRS en 26 casos (55,3%), seguido por bocavirus (29,8%), enterovirus/ rinovirus (21,3%), adenovirus (14,9%) y parainfluenza (4,3%) entre otros, con 35,5% de co-infección. La IFI presentó sensibilidad: 85,7%, especificidad: 73,6%, VPP: 82,7%, VPN: 77,7% y kappa: 0,5990 (IC 95%; 0,36360,8346) para VRS. Conclusión: La IFI presenta buena sensibilidad, pero moderada especificidad para VRS. Sin embargo, falla en la detección de otros virus respiratorios. La introducción de RPC permitiría mejorar el diagnóstico etiológico de las IRA de origen viral.

Background: Early viral detection in acute respiratory infections (ARI) is essential to establish appropriate therapy and prevent nosocomial transmission. Objective: To compare the efficacy of indirect immunofluorescence technique (IIF) with the polymerase chain reaction (PCR) to identify respiratory viruses in children hospitalized for ARI. Methods: 47 nasopharyngeal aspirates of children ≤ 2 years with ARI were included. IFI included respiratory syncytial virus (RSV), adenovirus, influenza A and B and parainfluenza. PCR also included the detection of metapneumovirus, enterovirus/rhinovirus, bocavirus and coronavirus. Sensitivity, specificity, positive and negative predictive value (VPP/NPV) and kappa correlation for RSV were estimated by IIF compared to PCR. Results: The IIF detected only RSV (29; 61.7%). PCR detected several viruses, including RSV in 26 cases (55.3%), followed by bocavirus (29.8%), rhinovirus/enterovirus (21.3%), adenovirus (14.9%) and parainfluenza (4,3%) among others, with 35.5% of coinfection. The IIF presented sensitivity: 85.7%, specificity: 73.6%, PPV: 82.7%, NPV: 77.7% and kappa: 0.5990 (95% CI, 0.3636-0.8346) for RSV. Conclusion: The IIF presents good sensitivity, but moderate specificity for RSV. However, IIF fails to detect other respiratory viruses. The introduction of PCR would improve the etiological diagnosis of ARI of viral origin.

Meningitis aséptica en pacientes con parotiditis viral durante un brote epidémico / Aseptic meningitis associated to mumps during an epidemic outbreak

Resumen Comunicamos dos casos de meningitis aséptica asociadas a parotiditis viral en mujeres de edad mediana, una de ellas embarazada. Ambas se presentaron pocos días después del aumento de volumen parotídeo, con cefalea, fiebre y signos meníngeos, pleocitosis de predominio mononuclear en el LCR y resultados negativos para otras causas. La parotiditis fue confirmada por serología IgG e IgM positiva. Las pacientes tuvieron una evolución favorable con desaparición total de sus síntomas. Ambos casos ocurrieron durante un brote regional de parotiditis. La meningitis aséptica es una complicación frecuente de las parotiditis. Su diagnóstico puede lograrse por el aumento de volumen glandular precedente, la pleocitosis de predominio mononuclear en el LCR y una serología IgM e IgG positiva o detección genómica por RPC en muestra urinaria o salival. Esta complicación es más probable que sea observada durante brotes de parotiditis viral.

We report two cases of acute aseptic meningitis associated to mumps in middle-aged women, one pregnant. Both presented shortly after parotid gland enlargement. Neurological complications were suspected by headache, fever and meningeal signs and confirmed by CSF findings (mononuclear predominant pleocytosis) with negative results for alternative causes. Mumps were confirmed by positive IgM and IgG serology. Both patients were discharged with a favorable evolution and complete disappearance of symptoms. Cases were concurrent with a regional mumps outbreak. Conclusions: Aseptic meningitis is a rare mumps-associated neurological complication. Its diagnostic can be achieved by precedent parotid enlargement, mononuclear pleocytosis in the CSF and positive IgM and IgG serology or viral detection by PCR in urine or salivary samples. This complication would be more probably observed during mumps outbreaks.

Identificación genética de recién nacidos en Perú: un estudio piloto / Genetic identification of newborns in Peru: a pilot study

OBJETIVO: Determinar la factibilidad de la identificación genética a un grupo de recién nacidos prove nientes de un hospital público de Lima-Perú. MATERIAL Y MÉTODO: Estudio descriptivo de corte trans versal, realizado por Registro de Identificación y Estado Civil de Perú, en recién nacidos vivos y sus respectivas madres, provenientes del Hospital Carlos Lanfranco La Hoz (Puente Piedra-Lima) du rante el mes de enero del 2015. Las muestras fueron colectadas en tarjetas FTA (Fast Technology for Analysis of nucleic acids) que permitieron un análisis directo por PCR (Polymerase Chain Reaction) y electroforesis capilar de 21 marcadores genéticos de tipo STR (Short Tandem Repeats), incluyendo el marcador amelogenina para la determinación del sexo. RESULTADOS: Se incluyeron un total de 44 madres y 45 recién nacidos (existió un parto gemelar). La probabilidad de maternidad fue mayor al 99.9% en todos los casos. No se encontraron dificultades en la toma de muestra, ni en el transporte del material. El material biológico obtenido fue suficiente para la obtención de ADN para realizar la identificación del recién nacido. CONCLUSIONES: El procedimiento de identificación genética fue factible de realizar en este hospital. Se identificaron etapas del proceso que podrían mejorarse para la posible aplicación de este procedimiento a una mayor escala en el Perú.

OBJECTIVE: To determine the feasibility of genetic identification in a group of newborns from a public hospital in Lima, Peru. MATERIAL AND METHOD: Descriptive cross-sectional study, carried out by the National Registry of Identification and Civil Status of Peru, on live newborns and their mothers, from the Carlos Lanfranco La Hoz Hospital (Puente Piedra, Lima) during January. 2015. The samples were collected in FTA (Fast Technology for Analysis of nucleic acids) cards that allowed a direct analysis by PCR (Polymerase Chain Reaction) and capillary electrophoresis of 21 STR markers (Short Tandem Repeats), including the amelogenin marker for gender determination. RESULTS: 44 mothers and 45 newborns were included (there was a twin birth). The probability of maternity was higher than 99.9% in all cases. There were no difficulties in the sampling or in transporting the material. The obtained biological material was enough to collect DNA to identify the newborn. CONCLUSIONS: The genetic identification procedure was possible to perform in this hospital. Stages of the process that could be improved were identified for the eventual application of this procedure on a larger scale in Peru.

Parotiditis en Chile: caracterización clínica y molecular de dos casos en una población altamente inmunizada / Parotiditis in Chile: clinical and molecular characterization of two cases in a highly vaccinated population

Resumen El virus de la parotiditis produce una infección benigna caracterizada por un aumento de volumen parotídeo que, antes de la introducción de la vacuna tres vírica, afectaba principalmente a niños y adolescentes. Luego de que esta vacuna se implementara en el Programa Nacional de Inmunizaciones, se produjo una notable disminución en su incidencia. Además, ocasionó un cambio en la edad y presentación clínica, siendo más frecuente en adultos jóvenes con mayor riesgo de complicaciones. Presentamos dos casos clínicos de parotiditis en adultos jóvenes confirmados por serología y en uno de ellos, por biología molecular. Se caracterizó el virus como del genotipo G, como el descrito en los brotes en E.U.A y Europa, diferente al virus contenido en la vacuna. El virus parotídeo sigue circulando en nuestro país y debemos mantenernos alerta ante eventuales brotes. Se hace relevante optimizar el diagnóstico etiológico por serología o técnicas de biología molecular con fines clínicos y epidemiológicos.

Mumps virus usually produces a benign infection characterized by increased parotid volume which, prior to vaccination, mainly affected children and adolescents. After the introduction of measles, mumps and rubella (MMR) vaccine, mumps incidence decreased dramatically. This intervention also produced a change in its clinical presentation, moving to young adult patients, with an increased risk of complications. We report two clinical mumps cases in young adults with different clinical presentations. In both cases, serologic assays were assessed and, in one case, a polymerase chain reaction (PCR) was performed in order to confirm the diagnosis. The isolated virus was characterized and identifed as G genotype, the same genotype observed during outbreaks in United States and Europe, and different to the vaccinal strain. Mumps virus is currently circulating in Chile and it is important to be aware of possible outbreaks. Viral diagnosis can be difficult, particularly in populations with high vaccination coverage. Therefore, the access to etiologic study through PCR and serology becomes more relevant in order to optimize clinical management and secondary prevention measures.

Virus orf en humanos, confirmación molecular de un caso clínico en Chile / Orf virus in human, confirmation in case report from Chile

Resumen La infección por el virus orf, también conocida como ectima contagioso, es reconocida una zoonosis ocupacional. Se diagnostica por lesiones cutáneas que evolu cionan rápidamente desde máculas a pápulas, vesículas y pústulas. Se presenta el caso clínico de una estudiante de medicina veterinaria que había tenido contacto con caprinos, clínicamente sanos y sin lesiones aparentes, hacía 19 días. Presentó dos lesiones vesiculares que coalescieron hasta formar una lesión de mayor tamaño rodeada por un halo eritematoso. Las lesiones fueron compatibles con la presentación clásica de las producidas por el virus orf en humanos. Se confirmó la presencia del virus orf mediante una RPC anidada del tejido de biopsia. Es uno de los primeros casos confirmados mediante técnicas moleculares en seres humanos en Chile.

Infection with the orf virus, also known as contagious ecthyma, is recognized as an occupational zoonosis worldwide. It is diagnosed by cutaneous lesions that progress rapidly from macules to papules, vesicles and pustules. The clinical case of a student of veterinary medicine who had had contact with goats, clinically healthy and without apparent lesions, which occured 19 days ago, is reported. She presented two vesicular lesions that coalesced to form a larger lesion surrounded by an erythematous halo. The lesions were compatible with the classical presentation of those produced by the orf virus in humans. The presence of the orf virus was confirmed by a nested PCR from biopsy tissue. It is one of the first cases confirmed by molecular techniques in humans in Chile.

Evaluación de la técnica Xpert® MTB/RIF para la detección de Mycobacterium tuberculosis complex en muestras extra-pulmonares / Evaluation of Xpert® MTB/RIF technique for Mycobacterium tuberculosis complex detection in extra-respiratory specimens

Resumen La tuberculosis (TBC) extra-pulmonar alcanza al 26,2% de los casos totales de TBC en Chile. El cultivo es el método estándar de oro, pero es lento. La técnica Xpert® MTB/RIF permite detectar Mycobacterium tuberculosis complex (MTBc) por RPC en tiempo real en menos de 3 h, sin embargo, ha sido validada sólo para muestras respiratorias. El objetivo de este estudio fue determinar la utilidad de la prueba Xpert® MTB/RIF en la detección de MTBc en muestras extra-pulmonares en comparación con un estándar de oro combinado consistente en un cultivo de micobacterias positivo (medio sólido y líquido) y/o un método molecular validado positivo (q-RPC, Cobas® TaqMan-MTB). Se analizaron 50 muestras extra-pulmonares, de las cuales 25 fueron definidas positivas y 25 negativas para MTBc en base a estándar de oro combinado. Las 25 muestras definidas positivas tuvieron un resultado positivo por Xpert® MTB/RIF; de las 25 muestras definidas negativas, 24 tuvieron un resultado negativo y una de ellas un resultado positivo. Se obtuvo una concordancia global entre Xpert® MTB/RIF y el estándar de oro combinado de 98%. La prueba Xpert® MTB/RIF fue capaz de detectar 12 casos de TBC extra-pulmonar con baciloscopia negativa y 3 casos con cultivo negativo. El método Xpert® MTB/RIF ha demostrado tener una sensibilidad similar al q-RPC para detectar MTBc en muestras extra-pulmonares y permite reducir sustancialmente el tiempo de diagnóstico.

Extra-pulmonary tuberculosis (TB) represents the 26.2% of total TB cases in Chile. Culture is the gold standard method, but the process is extremely slow. Xpert®MTB/RIF technique detects Mycobacterium tuberculosis complex (MTBc) through real time PCR in less than 3 h. However, it has been validated only for respiratory specimens. We aimed to determine the performance of Xpert®MTB/RIF test in detecting MTBc in extra-respiratory specimens compared with a combined gold standard consisting in a positive (liquid and solid) mycobacterial culture and/or a positive validated molecular method (q-RPC, Cobas®TaqMan®-MTB). Fifty extra-respiratory specimens were analyzed, from which 25 were positive and 25 negative for MTBc based on the combined gold standard. The 25 positive specimens had a positive result by Xpert®MTB/RIF; from the 25 negative specimens, 24 had a negative result and one had a positive result. We obtained an overall concordance of 98% between Xpert®MTB/RIF and the combined gold standard. Xpert®MTB/RIF test was able to detect 12 smear-negative specimens and 3 culture-negative specimens, all of them corresponding to extra-pulmonary TB cases. Xpert®MTB/RIF showed similar sensitivity to q-RPC in detecting MTBc in extra-respiratory specimens. This procedure allowed a substantial reduction in the time of diagnosis.

Diagnóstico de patógenos respiratorios mediante PCR en tiempo real: una realidad en el Hospital Roberto del Río / Diagnosis of respiratory pathogens using real-time PCR: a reality at the Roberto del Río Hospital

La técnica de la reacción de polimerasa en cadena (PCR) en tiempo real o PCR está disponible en el Hospital Roberto del Río desde el 2015. Esta técnica rápida y muy sensible, mejora los tiempos de respuesta y facilita la toma de decisiones clínicas. Sin embargo, es importante conocer los distintos aspectos del método para hacer una correcta interpretación clínica de un resultado de PCR.

Real time polymerase chain reaction (PCR) is a rapid and sensitive technique. It improves answer time for clinical decisions. It is important to know it well for a better clinical understanding.

Utilidad de la reacción de polimerasa en cadena convencional para la detección de Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp. y Trichomonas vaginalis en muestras genitales de mujeres en consulta ambulatoria / Usefulness of conventional polymerase chain reaction for the detection of Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp. and Trichomonas vaginalis in female outpatient's genital samples

Introduction: Trichomonas vaginalis, Mycoplasma hominis and Ureaplasma spp. are microorganisms responsible for genitourinary and pregnancy pathologies. Nucleic acid amplification methods have shown several advantages, but have not been widely studied for the detection of these microorganisms. Aim: To implement a conventional polymerase chain reaction (PCR) for the detection of the microorganisms and to compare its results versus the methods currently used at our laboratory. Material and Methods: 91 available samples were processed by PCR, culture (M. hominis y Ureaplasma spp.) and wet mount (T vaginalis). Results were compared and statistically analyzed by kappa agreement test. Results: 85, 80 and 87 samples resulted in agreement for the detection of M. hominis, Ureaplasma spp. y T. vaginalis, respectively. For M. hominis and Ureaplasma spp., agreement was substantial, whereas for T. vaginalis it was moderate, however, for the latter, PCR detected more cases than wet mount. Conclusion: We recommend the implementation of PCR for detection of T. vaginalis whereas culture kit is still a useful method for the other microorganisms.

Introducción: Trichomonas vaginalis, Mycoplasma hominis y Ureaplasma spp. son microorganismos causantes de patología genito-urinaria y durante el embarazo. Los métodos de amplificación de ácidos nucleicos han demostrado numerosas ventajas, pero no han sido ampliamente estudiados para la detección de estos microorganismos. Objetivo: Implementar una reacción de polimerasa en cadena convencional (RPC) para su detección y comparar sus resultados con los métodos actuales de nuestro laboratorio. Material y Métodos: Se procesaron 91 muestras mediante RPC, cultivo (M. hominis y Ureaplasma spp.) y observación microscópica al fresco (T. vaginalis). Los resultados fueron comparados y analizados estadísticamente mediante el test de concordancia kappa. Resultados: 85, 80 y 87 muestras tuvieron resultados concordantes para la detección de M. hominis, Ureaplasma spp. y T. vaginalis, respectivamente. Para M. hominis y Ureaplasma spp. el nivel de concordancia fue considerable mientras que para T. vaginalis fue moderado; sin embargo, para esta última, la RPC detectó más casos que la microscopia al fresco. Conclusión: Se recomienda la implementación de la RPC para la detección de T. vaginalis. Para M. hominis y Ureaplasma spp. el kit de cultivo continúa siendo un buen método.

Antigenemia y reacción de polimerasa en cadena en tiempo real en el diagnóstico de enfermedad por citomegalovirus en adultos con virus de inmunodeficiencia adquirida / Antigenemia and real time polymerase chain reaction for diagnosis of cytomegal ovirus disease in HIV infected adults

Background: Cytomegalovirus (CMV) infection is frequent in HIV adults. It is unknown usefulness of quantitative methods for diagnosing the CMV disease in Chilean patients. Aim: To determine the performance of antigenemia and real time polymerase chain reaction (rtPCR) in the diagnosis of CMV disease in Chilean HIV adults. Method: Detection of CMV by viral isolation (AVR), antigenemia and quantitative rtPCR in HIV adults. Results: The 102 adults with suspected CMV disease had lower LTCD4 count and higher HIV viral load than 77 patients without suspicion (p < 0.05). Antigenemia and PCR were positive in 47 (46.1%) and 37 (36.3%) adults with clinical suspicion and in 2 (2.6%) and 4 (5.2%) of 77 without suspicion. The sensitivity, specificity, positive and negative predictive value of antigenemia and RPCtr were 92%, 80%, 72% and 95% and 72%, 95%, 92% and 80%, respectively. The cutoff values were ≥ lcell (+) and ≥ 5.5 log10 copies/2 x 10(6) cells. CMV was isolated in 6/179 patients (3.4%), all symptomatic. Conclusión: Positivity of antigenemia and rtPCR are similar for diagnosing CMV disease in Chilean HIV adults. AVR is inappropriate as a gold standard for its low performance.

Introducción: La infección por citomegalovirus (CMV) es frecuente en adultos con virus de inmunodeficiencia humana (VIH). No se ha establecido la utilidad de los métodos cuantitativos para diagnosticar enfermedad por CMV en pacientes chilenos. Objetivo: Determinar la positividad de antigenemia y reacción de polimerasa en cadena en tiempo real (RPC-TR) en el diagnóstico de enfermedad por CMV en adultos chilenos con infección por VIH. Metodología: Se detectó CMV mediante aislamiento viral rápido (AVR), antigenemia y reacción de polimerasa en cadena en tiempo real (RPC-TR) cuantitativa en adultos infectados por VIH, con y sin sospecha de enfermedad por CMV. Resultados: El recuento de LT CD4 fue menor y mayor la carga de VIH en 102 sintomáticos respecto a 77 asintomáticos (p < 0,05). La antigenemia y la RPC-TR fueron positivas en 46 y 36% de los enfermos y en 3 y 5% de los asintomáticos respectivamente. La sensibilidad, especificidad, valor predictor positivo y negativo de la antigenemia y la RPC-TR fueron 92%, 80%, 72% y 95% y 72%, 95%, 92% y 80%, respectivamente. Los valores de corte fueron ≥ 1 núcleo (+) y ≥ 5,5 log10 copias/2 x 10(6) céls. Se aisló CMV en 3,4%, todos los sintomáticos. Conclusión: La antigenemia y la RPC-TR tienen una positividad similar para diagnosticar enfermedad por CMV en adultos chilenos con infección por VIH. El AVR es inapropiado como referencia por su baja positividad.

Detección precoz de infección por citomegalovirus en pacientes sometidos a trasplante alogéneico de precursores hematopoyéticos por reacción de polimerasa en cadena cuantitativa en tiempo real / Early detection of cytomegalovirus infection in allogeneic hematopoietic stem cell transplant patients by real time-quantitative PCR

Introduction: CMV pp65-antigenemia (antigenemia) has been used for monitoring CMV viremia in allogeneic hematopoietic stem cell transplant (aHSCT) recipients. Recently, real time quantitative PCR (RT-qPCR ) has been used as a better approach than antigenemia for CMV diagnosis. The objective of this study was to assess the correlation of CMV viremia between RT-qPCR and antigenemia in aHSCT patients. Material and Methods: Observational prospective study of all aHSCT patients during 10 months in our center. CMV RT-qPCR in whole blood was performed weekly from day +7 to +100 after aHSCT. Simultaneous antigenemia was performed from engrafment to day +100. Concordance between both assays was evaluated. Results: Eighteen patients were included. In 120 simultaneous samples, 96 were concordant by both methods (80%). Kappa coefficient was 0.583. In 42% of cases without concordant results, patients were on antiviral therapy. Thirteen patients (72%) developed CMV infection (20 episodes). In 17 episodes, both the antigenemia and CMV RT-qPCR were positive. CMV RT-qPCR was detectable 1-2 weeks before antigenemia in 45% of the episodes. Conclusion: Both methods had a moderate concordance and CMV RT-qPCR detects CMV reactivations earlier than antigenemia, especially in neutropenic patients.

Introducción: La antigenemia pp65 (antigenemia) ha sido utilizada para monitorizar viremia de citomegalovirus (CMV) en pacientes sometidos a trasplantes alogeneicos de precursores hematopoiéticos (TPHa). Recientemente, la reacción de polimerasa en cadena cuantitativa en tiempo real (en inglés RT-qPCR) se ha usado como una mejor aproximación al diagnóstico de infección por CMV. El objetivo de este estudio fue evaluar la correlación de viremia por CMV a través de RT-qPCR con antigenemia, en pacientes que han recibido TPHa. Material y Métodos: Estudio prospectivo, observacional, de los pacientes sometidos a TPHa durante 10 meses. Se realizó RT-qPCR de CMV en sangre total semanalmente desde el día +7 al+100 después del trasplante y antigenemia en forma simultánea desde el prendimiento hasta el día +100. Se evaluó la concordancia entre ambos ensayos. Resultados: Dieciocho pacientes fueron incluidos. En 120 muestras simultáneas, 96 fueron concordantes por ambos métodos (80%). El coeficiente Kappa fue 0,583. En los casos no concordantes, el 42% se encontraba en terapia antiviral. Trece pacientes (72%) desarrollaron infección por CMV (20 episodios). En 17 episodios, ambos ensayos fueron positivos. La carga viral fue detectable 1-2 semanas antes que la antigenemia en 45% de los episodios. Conclusión: Existe una buena correlación entre ambas técnicas y la RT-qPCR detecta más precozmente que la antigenemia las reactivaciones de CMV, especialmente en pacientes neutropénicos.

Impacto de una técnica automatizada rápida en la identificación de SAMR/ERV en pacientes trasladados desde otros centros hospitalarios / Impact of an automated rapid MRSA/VRE identification technique in the surveillance of patients transferred from other medical centers

Introduction: Identification of patients with methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and vancomycin resistant Enterococci (VRE) is essential to limit the spread of these agents, through the use of isolation and contact precautions. Traditional microbiology has a long turn around time (3-5 days) extending the time of isolation, increasing complexity and cost of these patients. Objectives: To implement a new real time polymerase chain reaction (PCR) GeneXpert R for SAMR and VRE detection. To compare costs and turn around time of PCR versus traditional cultures. Methods: Two periods were compared, in the first, traditional microbiology (standard group) was used, and in the second, only PCR was used (PCR group). Results: MRSA or VRE were identified in 29.9% of patients in the PCR group and in 9.6% in the standard group. Turn around time was 15 ± 9 hours in PCR group and 53 ± 23 hours in standard group. PCR group had a net cost of USD 245 per patient and standard group USD 530 per patient. Discussion: PCR technique GeneXpert R for MRSA and VRE had a positive impact in the management of these patients and justifies its inclusion.

Introducción: La identificación de pacientes con Staphylococcus aureus resistente a meticilina (SARM) y Enterococcus resistente a vancomicina (ERV), permite limitar su diseminación usando aislamiento en cohorte y precauciones de contacto. Los resultados de los cultivos microbiológicos demoran 3 a 5 días, lo que retrasa el retiro de las precauciones y agrega costos económicos. Objetivos: Implementar técnica de reacción de polimerasa en cadena en tiempo real (RPC), GeneXpert R, para SARM y ERV y comparar tiempos de respuesta y costos en relación al uso de microbiología convencional. Material y Métodos: Se compararon dos períodos, uno en que se usó solo RPC (grupo RPC) y otro histórico, en el que se usó microbiología tradicional (grupo estándar) Resultados: Se confirmó SARM y/o ERV en 29,9% de los pacientes del grupo RPC, y en 9,6% del grupo estándar. Los tiempos de respuesta fueron 15 ± 9 h (grupo RCP) y 53 ± 23 h (grupo estándar). Los costos directos por paciente fueron de USD 245 en el grupo RPC y de USD 530 en el grupo estándar. Discusión: La RPC en tiempo real, GeneXpert, para SAMR y ERV tuvo un alto impacto alto clínico que justifica su incorporación.

Encefalitis herpética neonatal: valor de la clínica versusla biología molecular / Neonatal herpes simplex encephalitis: clinical profile versus molecular biology

Herpes simplex encephalitis is a diagnostic challenge and causes high morbidity and mortality in children. Early suspicion of the disease and a rapid, safe and useful diagnostic test are relevant because up to 70% of the cases may die. We report the case of a newborn girl aged 25 days, who presented with a clinical picture that was compatible with herpes simplex encephalitis where the confirmation of the etiological diagnosis was delayed. Only by repeated real-time polymerase chain reaction it was possible to confirm the presence of herpes simplex virus type 1 in the cerebrospinal fluid.

La encefalitis herpética genera un desafío diagnóstico y es causa de alta morbi-mortalidad en niños. Se requiere de una sospecha clínica precoz y una prueba diagnóstica útil, rápida y segura, ya que sin tratamiento oportuno y adecuado, hasta 70% de los casos puede fallecer. Comunicamos el caso de una recién nacida de 25 días de vida, que presenta un cuadro clínico compatible con encefalitis herpética, donde el diagnóstico etiológico tardó en ser confirmado y sólo la técnica de reacción de la polimerasa en cadena en tiempo real (RPC-TR) aplicada de forma repetida permitió certificar la presencia de virus herpes simplex tipo 1 en el LCR.

Diagnóstico de la infección por Treponema pallidum en pacientes con sífilis temprana y neurosífilis mediante reacción de la polimerasa en cadena / Laboratory diagnosis of Treponema pallidum infection in patients with early syphilis and neurosyphilis through a PCR-based test

Syphilis is a sexually transmitted disease caused by Treponema pallidum. The diagnosis is based mainly in clinical presentation and non-specific assays. PCR-based diagnosis has been suggested as an attractive alternative method. The aim of this study was the validation of a PCR-based test for the diagnosis of early syphilis (ES) and neurosyphilis (NS). Clinical samples of mucocutaneous lesions and cerebrospinal fluid (CSF) specimens from patients previously diagnosed for ES and NS respectively using an enlarged gold standard, were tested by PCR. The reaction was done using primers targeting the tpN47gene. Twenty out of 21 mucocutaneous samples from patients diagnosed with ES were positive by PCR, with a clinical sensitivity of 95 percent. Four out of 8 CSF samples from patients previously diagnosed with NS were positive by PCR, with a clinical sensitivity of 50 percent. The clinical specificity for both ES and NS was 100 percent. The PCR sensitivity and specificity for mucocutaneous samples allowed us to implement this assay in our laboratory for routine diagnosis. Although the sensitivity of the PCR in CSF was low, it may be useful to support clinical diagnosis.

La sífilis es una enfermedad de transmisión sexual producida por Treponema pallidum, cuyo diagnóstico se realiza presuntivamente basándose en aspectos clínicos y análisis de especificidad limitada. La reacción de la polimerasa en cadena (RPC) ha sido planteada como una alternativa diagnóstica de mayor sensibilidad y especificidad. El objetivo de este trabajo fue validar una RPC para el diagnóstico de sífilis temprana (ST) y neurosífilis (NS). Se utilizaron muestras de lesiones muco-cutáneas y de LCR de pacientes con sospecha de cursar ST y NS respectivamente, previamente diagnosticados, utilizando un estándar de oro ampliado. La RPC fue realizada con partidores dirigidos al gen tpN47. De las 21 muestras de pacientes con ST, la RPC resultó positiva en 20, lo que resulta en una sensibilidad clínica de 95 por ciento. De las 8 muestras de pacientes con NS, la RPC resultó positiva en 4, obteniéndose una sensibilidad clínica de 50 por ciento. La especificidad clínica para ST y NS fue de 100 por ciento. La excelente sensibilidad y especificidad de la RPC para muestras muco-cutáneas permitió la exitosa implementación de este análisis en nuestro laboratorio para el diagnóstico de rutina. Si bien la sensibilidad de la RPC en LCR es baja, es muy útil para apoyar el diagnóstico clínico.

Comparación de las técnicas de reacción de polimerasa en cadena en tiempo real y antigenemia para la detección de citomegalovirus en sangre de niños sometidos a trasplantes / Comparison of real-time polymerase chain reaction and antigenemia assay to detect cytomegalovirus in pediatric transplants

Background: Cytomegalovirus (CMV) infections are an important cause of morbidity and mortality in transplant recipient. To date, the antigenemia assay is the most used technique for diagnostic and management of CM V infections. However, quantification of CMV viral load by real time polymerase chain reaction (RT-PCR) has becoming the method of choice to detect CMV in a rapid, sensitive and specific manner. Objective: To compare antigenemia and RT-PCR assays in the detection of CMV in blood sample from solid organ and bone marrow transplant (BMT) in children attended at the Dr. Luis Calvo Mackenna Hospital. Methods: In a prospective study, we detect the presence of CMV in blood sample by RT-PCR and antigenemia assays. Results: We analyzed 219 blood samples from 68 children subjected to kidney, liver and BMT. Out of 219 samples analyzed, 147 were negative and 33 were positive for CMV by both techniques. Thirty-seven samples were positive only by RT-PCR and 2 by antigenemia. Considering the antigenemia as a reference, RT-PCR shows 94 percent, 80 percent, 34 percent and 99 percent sensitivity, specificity, positive and negative predictive values, respectively. The kappa coefficient between both techniques was 0.528. Conclusion: Quantitative determination of CMV viral load by RT-PCR is a sensitive technique with excellent negative predictive valué compared to antigenemia. Our results support the use of RT-PCR as a technique that might facilítate the diagnostic and treatment of active CMV infection in pediatric transplants.

Antecedentes: Las infecciones por citomegalovirus (CMV) corresponden a una importante causa de morbilidad y mortalidad en pacientes sometidos a trasplantes. Hasta la fecha, la detección de CMV en células infectadas en sangre periférica mediante la técnica de inmunofluorescencia (antigenemia) es la más utilizada para el diagnóstico y monitorización de la infección por este agente. Sin embargo, en el último tiempo la cuantificación de la carga de ácido nucleico (ADN) de CMV en sangre mediante la técnica de reacción de polimerasa en cadena en tiempo real (RPC-TR) ha permitido la detección de CMV de forma más rápida, sensible y específica. Objetivos: Comparar las técnicas de antigenemia y RPC-TR para la detección de CMV en sangre en niños sometidos a trasplante de órganos sólidos y trasplante de precursores hematopoyéticos (TPH) en el Hospital Dr. Luis Calvo Mackenna. Metodología: En un estudio prospectivo de seguimiento preventivo de reactivación se detectó la presencia de CMV en muestras de sangre utilizando las técnicas de RPC-TR y antigenemia. Resultados: Se analizaron 219 muestras de sangre, correspondiente a 68 niños sometidos a trasplante de hígado, riñon y TPH. De las muestras analizadas, 147 fueron negativas y 33 positivas para CMV utilizando ambas técnicas. Treinta y siete muestras resultaron ser positivas sólo por RPC-TR y dos sólo por antigenemia. Tomando en cuenta la antigenemia como referencia, la RPC-TR mostró una sensibilidad, especificidad, valor predictor positivo y negativo de 94 por ciento, 80 por ciento, 34 por ciento y 99 por ciento, respectivamente. El índice de concordancia entre ambas técnicas tuvo un valor de kappa = 0,528. Conclusión: La determinación cuantitativa de ADN de CMV por RPC-TR es una técnica sensible, con un gran valor predictor negativo comparada con la antigenemia. Los resultados obtenidos en este trabajo apoyan el uso de RPC-TR para el diagnóstico y tratamiento oportuno de las infecciones activas por CMV en niños sometidos a trasplantes.

Detección histológica y molecular de Helicobacter pylori y genotipificación con base en los genes de virulencia babA2 e iceA en pacientes con patología gástrica benigna / Molecular and histological detection of Helicobacter pylori and genotyping based on babA2 and iceA in patients with benign gastric pathologies

Objective: To investigate the presence of Helicobacter pylori in a Colombian population. Material and Methods: Gastric biopsies from 60 patients with benign gastric pathologies were submitted to histopathological examination and genotyped by PCR through amplification of babA2 and iceA genes. Results: The presence of H. pylori was demonstrated in 78.3 percent, 63.3 percent and 66.7 percent of the samples after Giemsa staining, andH. pylori 16S DNAr and iceA gene amplification, respectively. In addition, H. pylori babA2 positive was found infecting 7 patients. Among the iceA positive samples, 35 percent were identified as iceAl, 47.5 percent as iceA2 and 17.5 percent contained iceAl and iceA2 or different iceA2 types. This work allowed detection and genotyping of H. pylori, demonstrating a low proportion of patients carrying strains babA2 positive and an iceA genotype distribution according to previous reports. No association was found between the presence of babA2 and iceA genes and ulcer disease.

Objetivo: El presente estudio investiga la presencia de Helicobacter pylori en pacientes de una población colombiana con enfermedad gastro-duodenal benigna y realiza su genotipificación usando como blanco los genes babA2 e iceA. Pacientes y Métodos: Se analizaron biopsias gástricas de 60 pacientes usando histopatologíay RPC. Resultados: La presencia de H. pylori se demostró en 78,3 por ciento, 63,3 por ciento y 66,7 por ciento de los pacientes, mediante tinción de Giemsa, amplificación del gen 16S ADNr y del locus iceA, respectivamente. Helicobacter pylori babA2 positivo se encontró infectando 7 pacientes y de las 40 muestras positivas para la presencia del locus iceA, 35 por ciento eran iceAl, 47.5 por ciento iceA2 y en 17,5 por ciento se evidenció infección múltiple. Se aportan datos sobre la prevalencia de H. pylori encontrando una baja proporción de casos babA2 positivos y una distribución de los genotipos iceA acorde con datos reportados previamente. La presencia de los genes babA2 e iceA no se encontró asociada con la presentación de úlcera.

Análisis retrospectivo del rendimiento de Amplicor-PCR® para la detección de Mycobacterium tuberculosis en muestras respiratorias y no respiratorias con baciloscopia negativa: A retrospective analysis / Assessment of the Amplicor PCR® for the detection of Mycobacterium tuberculosis in smear negative respiratory and non respiratory specimens

Background: Commercial polymerase chain reaction (PCR) kits are widely accepted for analysis of smear positive respiratory specimens, but the sensitivity is variable for smear negative ones. Objective: To assess the PCR method usefulness in smear negative respiratory and non respiratory specimens. Methods: We compared the PCR results (AMPLICOR MTB test™, Roche) of 235 specimens subjected to culture in Loewenstein-Jensen agar (as the gold standard). Results: 181 (76 percent) were respiratory and 54 (24 percent) extra-respiratory specimens. The sensitivity was 88 percent) and 50 percent>, respectively, specificity and PPV was 100 percent> in both cases. NPV was 99.4 percent> in respiratory specimens and 96.1 percent in non-respiratory specimens. Conclusions: The good performance of this PCR in smear negative respiratory specimens allows the clinician to take decisions based on the result of this exam. In extra-respiratory specimens the contribution is important only when the PCR result is positive.